La maladie cœliaque n'est ni une allergie ni une intolérance, mais une maladie auto-immune dans laquelle la consommation de gluten déclenche une réaction inflammatoire dans l'intestin. Le gluten est une protéine collante présente dans certaines céréales comme le blé, l'épeautre, le seigle, l'orge, mais aussi dans d'autres. Elle touche particulièrement l'intestin grêle, mais peut également affecter d'autres organes. C'est pourquoi la maladie cœliaque n'est pas qualifiée de maladie intestinale, mais de maladie systémique. En tant que telle, elle concerne l'ensemble du corps. Une fois déclenchée, elle persiste toute la vie. La maladie cœliaque est donc une maladie chronique.

La maladie cœliaque ne survient que chez les personnes présentant la prédisposition génétique correspondante. C'est pourquoi il y a souvent plusieurs personnes touchées au sein d'une même famille.

En réaction du système immunitaire au gluten, certains anticorps sont produits, que l'on peut détecter dans le sang. Il se produit surtout une inflammation durable de la muqueuse de l'intestin grêle, entraînant une atrophie des villosités intestinales par lesquelles les nutriments sont normalement absorbés.

Pour diagnostiquer une maladie cœliaque, des analyses de sang à la recherche d'anticorps spécifiques ainsi qu'une gastroscopie permettant de prélever des échantillons de l'intestin grêle doivent être effectuées. Une fois la maladie confirmée, il est nécessaire de passer à un régime sans gluten. Les symptômes diminuent alors et la muqueuse se rétablit.  

Comme indiqué au début, la maladie cœliaque n'est ni une intolérance ni une allergie. Il existe néanmoins une allergie au blé ainsi qu'une sensibilité au blé, qu'il convient de distinguer clairement de la maladie cœliaque.